Po kilku latach burzliwych sporów papież przejął ostatecznie kontrolę nad Zakonem Maltańskim, co oznacza de facto koniec jego suwerenności. Jest to kolejna już „reforma” dokonana przez Franciszka, która w niektórych kręgach budzi duże kontrowersje.
W sobotę 3 września papież odwołał organy zarządzające zakonu a w ich miejsce powołał tymczasową Radę Suwerenną. W wydanym w związku z tym dekrecie Ojciec Święty ogłosił, że promulguje „nową Kartę Konstytucyjną” dla zakonu, która wchodzi w życie w trybie natychmiastowym.
Zakon Maltański jest najstarszą istniejącą w Europie instytucją dobroczynną, której duch i istota działalności streszcza się w łacińskiej sentencji Tuitio Fidei et Obsequium Pauperum, która oznacza Obronę Wiary oraz Służbę Ubogim i Cierpiącym. Zakon założono w Jerozolimie a w 1113 roku zatwierdził go ówczesny papież.
W świetle prawa organizacja ta jest w zasadzie państwem nie posiadającym własnego terytorium, które jednak posiada główną siedzibę w Rzymie. Jest też zakonem religijnym oraz potężną organizacją charytatywną. Według aktualnych danych liczy obecnie 13,5 tysiąca rycerzy, w tym 50 zakonników zajmujących się bezpośrednio pracą szpitalną oraz humanitarną. Dodatkowo zatrudnia około 100 tysięcy pracowników i wolontariuszy, którzy są obecni w 120 krajach świata.
Dekret Franciszka
Wydanym w sobotę 3 września dekretem papież ze skutkiem natychmiastowym rozwiązał dotychczasową Radę Suwerennego Zakonu Maltańskiego, zwołał Nadzwyczajną Kapitułę Generalną z zatwierdzonym nowym regulaminem, której wyznaczył termin spotkania na 25 stycznia przyszłego roku. Ponadto Franciszek promulgował nowe konstytucje dla Zakonu Maltańskiego i osobiście wymienił 13 spośród członków Rady.
Kryzys zakonu
Kryzys w relacjach Watykanu z Zakonem Maltańskim miał swój początek w 2016 roku, kiedy to Wielki Mistrz będący jego głową zwrócił się do Wielkiego Kanclerza o rezygnację. Części spośród rycerzy się to nie spodobało, wnieśli więc sprzeciw prosząc papieża o interwencję.
Wówczas Franciszek wysłał do siedziby Zakonu komisję śledczą oraz wymusił rezygnację Wielkiego Mistrza unieważniając jednocześnie wszystkie jego decyzje. Wydanym w 2016 roku dekretem papież mianował swojego delegata jako osobistego przedstawiciela w Zakonie co uważa się za moment rozpoczęcia prac nad reformą Karty Konstytucyjnej Zakonu.
Od tamtej pory toczyły się często trudne dyskusje zwłaszcza w kwestii suwerenności Zakonu Maltańskiego. Projekt reformy Karty Konstytucyjnej formacji, przygotowany przez delegata papieskiego przewiduje, że „Zakon Maltański” stanie się „podmiotem Stolicy Apostolskiej” tj Watykanu. Oznacza to redukcję Zakonu do formy „stowarzyszenia religijnego” co jednak nie podoba się części rycerzy. Wielu powołuje się przy tym na liczącą niemalże 10 wieków tradycję organizacji.
W świetle prawa międzynarodowego
Przez dużą część państw Zakon Maltański uważany jest za suwerenny podmiot prawa międzynarodowego równorzędny z państwem, pomimo braku terytorium. Zakon posiada trzy nieruchomości, jedną na Malcie i dwie w Rzymie, które posiadają status eksterytorialności. Zakon jako taki jest także stroną umów międzynarodowych utrzymującym aktywne stosunki dyplomatyczne i biorącym czynny udział w życiu dyplomatycznym, w międzynarodowych konferencjach. Działa także jako obserwator w organizacjach takich jak ONZ, UNESCO, UNICEF oraz Unia Łacińska.